ಮಥುರಾ ಜಂಕ್ಷನ್ ನಿಲ್ದಾಣದಿಂದ ಪ್ರತಿದಿನ 197 ರೈಲುಗಳು ಹೊರಡುತ್ತವೆ. ಇವುಗಳಲ್ಲಿ ರಾಜಧಾನಿ, ಶತಾಬ್ದಿ, ದುರಂತೋ ಮುಂತಾದ ಸೂಪರ್ಫಾಸ್ಟ್ ರೈಲುಗಳೂ ಸೇರಿವೆ. ದೆಹಲಿ, ಕೇರಳ, ತಮಿಳುನಾಡು, ಆಂಧ್ರಪ್ರದೇಶ, ಒಡಿಶಾ, ರಾಜಸ್ಥಾನ, ಛತ್ತೀಸ್ಗಢ, ಮಧ್ಯಪ್ರದೇಶ, ಬಿಹಾರ ಸೇರಿದಂತೆ ದೇಶದ ವಿವಿಧ ಭಾಗಗಳಿಂದ ಬರುವ ರೈಲುಗಳು ಇಲ್ಲಿ ನಿಲ್ಲುತ್ತವೆ. ಈ ನಿಲ್ದಾಣದಿಂದ ದೇಶದ ವಿವಿಧ ಭಾಗಗಳಿಗೆ 13 ರೈಲುಗಳು ಹೊರಡುತ್ತವೆ.